1、安装
(1)电源电压:电压波动要符合+10%以内的国家标准，否则一些厂家的离心机是不能正常运转。如果电压波动在此以上，建议用稳压器，以供符合此电网。
(2)地线要牢:房间的电源的布线要符合要求。三相是工业电中的三相，使用三相电时零线与地线分开，更重要的是不管是三相工业电也好，一般的单相电也好，地线应可靠，以免漏电，地线不能接在暖气管、自来水管上。
(3)地面要平整、牢固:对大型离心机而言，在安装地点搬动地板要牢固，保证离心机的转子正常工作，不陷凹进去，安装固定处地面应平整且牢固。
(4)找好水平:找较准确的小型水平尺，离心机盖子打开，在主轴上找水平，通过调整4个脚轮旁边的调整螺栓的拧动来找好水平，注意其中1脚不能落空。
2、装样找平衡
离心机在设计与制造时，对转子的加工误差带来的不平衡，已作了动平衡试验的补救，但凡是离心机，都有其允许的装样不平衡量。离心机厂商为了在离心机允许的不平衡限量这一指标上与其他厂家竞争，尽量给出较大值。在这较大值上，离心机可以运转，但这时产生的不平衡力以每分钟n次频率猛然冲击轴承及支架，离心机是受损伤的。因此，用户对那些昂贵的离心机，尽量找好平衡后离心，对离心机的寿命有好处。
3、清理离心腔内的积水
对于一些带制冷功能的离心机在运转时，由于空气的水分，在离心腔内结霜，停机后霜化为水。大部分低速大容量离心机，没有排水孔，离心腔中水愈积愈多。此时，用户应自行拆下转子，清理积水。在重新安装转子时，一定要装好，避免出事故。
4、避免铝合金受腐蚀
离心机转子一般是用铝合金制造，当受腐蚀后强度降低，容易出事故。铝合金易受液体腐蚀，清洗后应用吹风机吹干，或倒置一段时间，确认干了才能使用。有的血站进口离心机，6个铝杯里应有的6个塑料托没有。塑料托中应放血袋，避免直接放在铝杯里。注意试管有无裂纹。若试管有裂纹，万万不可使用，否则在使用中试管破裂会引起转子旋转中失去平衡，可引发断轴等恶性事故。
5、断轴事故
转子没安放好，或装样品不平衡超过量太大，离心机开动。现代的进口离心机虽都有不平衡保护，即当不平衡量超过某一限时，应自动断电，令离心机停转。但在上述情况下，已经晚了，会出现恶性事故。恶性事故之一是断轴，由于高速旋转中突然断轴，离心转子没有了支撑，在离心腔中乱转乱撞，此时，若旁边有人员或设备，会造成人员伤亡与毁坏设备的事故。
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