同为实验室内测定吸光度的仪器，酶标仪和分光光度计存在一些不同之处，具体差别体现在以下三个方面：
(1)盛装待测溶液的容器：
分光光度计用的是比色皿，酶标仪使用的是塑料微孔板(酶标板)。比色皿只能起到盛装溶液的作用，每个比色皿一次只能盛装一种溶液。酶标板常用透明的聚乙烯材料制成，对抗原抗体有较强的吸附作用，因此用它作为固相载体，酶标板通常为48孔或96孔，每个微孔可以盛装不同的溶液。
(2)光路的方向：
分光光度计是水平光路，而酶标仪则是垂直光路。由于酶标板盛样本的塑料微孔板是多排多孔的,光线只能垂直穿过,因此酶标仪的光束都是垂直通过待测溶液和微孔板的,光束既可是从上到下,也可以是从下到上穿过比色液。垂直光的特点是标本吸光度受液体浓缩或稀释的影响小，不足之处是受被测样本液面是否水平、酶标板透光性、孔底是否平整等的影响较大。
(3)光路的长度：
由于光密度(OD值)与吸光系数,待测组分的浓度以及光路长度成正比关系。
分光光度计采用的比色杯的宽度通常是1cm，所以光路长度固定为1cm。因此不同仪器，不同批次测量的数据具有同样的可比性。
而酶标仪采用的是垂直光路,所以光路的长度应该是液体液面的高度。所以测得的值受到样品的体积的影响。
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