一般情况下，超纯水机在使用一定时间后，反渗透膜的表面会有胶体等物质堆积，对于这种污堵，一般采用设备自带的膜冲洗或反冲洗就可以清除了。对于自清洁无法去除的的污堵和水垢，超纯水机一般有以下几种清洗方法：
1、物理清洗方法
常见的物理清洗方法有低压高流速清洗，即在较低的操作压力下尽可能地加大膜面流速，使得溶质分子在膜面停留的概率降低，并且减小料液与膜面之间的浓差极化。反向清洗即通过在膜的透过液一侧施加压力，使透过液反向透过膜。这样一方面可以冲掉堵塞在膜孔内的污染物，另一方面对料液侧膜表面的附着层也有着一定的冲洗作用。
2、化学清洗方法
EDI装置膜堆在实际运行中，对于污染严重的膜，仅靠物理清洗很难使膜通量恢复，必须借助于化学清洗。化学清洗剂的选择应根据膜污染物的类型，污染程度以及膜的物理化学物特性来进行，清洗剂可单独使用，也可复合使用。
3、生物清洗方法
这类方法又可分为两类：一类类似于化学清洗方法，使用清洗剂清洗，不同的是此类清洗剂具有生物活性；另一类是将生物剂固定，通过特殊方法固定在膜上，使膜具有抗污染的性能。
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