可以设计不同构造以满足不同目标处理物的需要，提供程度的控制。避免有害气体排入环境。其缺点是处理过程工艺复杂，要求严格的前、后处理工序，处理成本高；而且，在对难生物降解物质进行处理时必须慎重，以防止污染物从土壤转移到水中。反应器修复在我国还处于实验研究阶段，如东北大学魏德洲等较系统研究了生物泥浆法，通人H2O2对土壤中石油烃类微生物的影响；美国已开始进入实际应用阶段。如美国东南部的一家木材处理厂，使用生物泥浆法处理该厂受杂酚油污染的污泥土壤，安装了四个半间歇式生物反应器，并接种能降解杂酚油的细菌，每周可处理1t受污染的污泥土壤心。
