防水板施工完成后，必须严加保护，否则极易损坏，导致防水质量下降，必须予以重视。任何材料、工具、在铺设时应尽量远离已铺好的地段堆放，不得穿带钉子的鞋在防水层上走动，对现场施工人员加强防水层保护意识教育，严禁损坏。在没设保护层处（如拱顶、侧墙）进行其他作业时不得破坏防水层，钢筋焊接作业时，防水板要用阻燃材料进行覆盖，避免焊火花损伤防水板。挡头板的支撑物在接触到塑料防水板处必须加设橡皮垫层。采用钢筋混凝土衬砌时，要对钢筋头部进行防护，避免损伤防水板。绑扎钢筋和安装模板及衬砌台车就位时，在钢筋保护层垫块外包土工布防止碰撞和刮破塑料板。
防水板的保护，在灌注二次衬砌混凝土时，振动棒引起的对防水层的破坏不易发现，故二次衬砌灌注混凝土施工时应特别注意，不得破坏防水层，浇筑时应有专人观察，发现损伤应立即修补。在灌注二次衬砌混凝土时，应在混凝土输送泵出口处设置防护板，防止混凝土直接冲击防水板。二次衬砌灌注混凝土时，避免让振动棒与防水板接触；插入式振动棒需变换其在混凝土中的位置时，应竖向缓慢拔出，不得在混凝土浇筑仓内平拖。二次衬砌中埋设的管料与防水板间距不小于5cm，以防止磨损防水板。
