金丝桃全草长约80CM，光滑无毛。根呈圆柱形，表面棕褐色，栓皮易成片剥落，断面不整齐，中间可见极小的空洞。老径较粗，圆柱形，直径4-6MM，表面浅棕褐色，可见对生叶痕，栓皮易成片脱落。质脆、易折断，断面不整齐，中空明显。幼茎较细，直径1.5-3MM，表面较光滑，节间呈浅棕绿色，断苗中空。叶对生，略皱缩易破碎；完整叶片展形呈长椭圆形，全缘，上面绿色，下面绿色，下面灰绿色中脉明显突起，叶片可见透明腺点。气微香，味微苦。
根横切面木栓层约10余列细胞；皮层细胞类圆形，可见少数的分泌腔，直径11-16；韧皮射线不明显；形成层明显；木质部宽广，导管呈放射状排列；髓部较小，薄壁细胞类圆形。本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。
老茎：木栓层约8列扁长方形的棕色细胞；皮层薄壁细胞类圆形，散有分泌腔，直径10-16；韧皮部亦散有少量分泌腔，射线部明显；形成层明显；木质部细胞木话，木纤维较发达，导管大多为单列呈放射状排列，木射线宽1-2列细胞；髓大，本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。
幼茎：表皮细胞长方形，细胞壁略增厚；表层较宽，散有分泌腔，直径9-16.并可见微木化纤维束断续排列呈环带状；韧皮部亦散有少量分泌腔。余同老茎。
