自然界中有不少微生物（病毒、细菌、真菌等）具有杀虫、杀菌、除草及植物生物调节活性。这种微生物有机肥具有很高的专一性，其对靶标害物具有极高的选择性，而对其他生物却十分安全。近年来又出现了不少新的直接作为农药的微生物原农药。
在现今的直接应用的微生物源农药中，以苏云金杆菌（B·T）居主要市场，约占整个微生物源农药的70%以上，其中半数在美国。目前的B·T商品约数百种，可防治百余种有害昆虫。
同样，在我国B·T剂的生产与应用也基为广泛，据悉已有50余家工厂从事此药剂的应用开发。同样，采用病毒进行防治虫的研究开发较为广泛。在德国、美国等国家均已开发了不少产品，如苹果蠢蛾颗粒体病毒、舞毒蛾核多角体病毒等。
在我国，也开发了用于防治松毛虫和棉铃虫的核多角病毒，并有少量生产。此外，用真菌治虫也是一个重要方面，如果白僵菌治虫已成为大家所熟知。另外，也有用线虫、原生动物进行防虫治虫的，并已产业化。同时，也有用真菌发展有机肥产品作为“除草剂”以达到以菌治草的，由于人们对微生物源农药的开发兴趣越来越浓厚。
