在节能温室中栽培番茄已经发生的病害有数10种，例如发生最为普遍、危害最严重的灰霉病、疫病、枯萎病、蔓枯病、苗期猝倒病、立枯病等真菌性病害;青枯病等多种细菌性病害病和部分病毒性病害，其病菌都是在土壤中或借助病残体在土壤中越冬。这些病害的初次侵染，几乎都是来自温室中的土壤。所以说，是否能够预防和控制住土传病害，是节能温室番茄栽培成倍的关键。以番茄青枯病为例：番茄青枯病，病菌在土壤中越冬，借雨水跟灌溉水传播。发病最适宜的温度为25--37℃。
防治土传病害，必须认真实行“预防为主，综合防治”的植保方针，切实做好以下工作。
①利用温室封闭性好的特点，在暑季室内作物换茬时，进行高温闷室，铲除室内土壤中残留病菌，净化土壤，力争室内无菌，杜绝以上各类病害的初次侵染。
②注意肥料卫生，严防带菌肥料进入温室；施用的有机肥料，必须经过暑季覆盖塑料薄膜高温处理、充分腐熟，方可使用。
③培育壮苗，育苗时，要选用无菌基质配制营养土。
建苗床时，要在营养土下面铺设砂砾或小石子，底部铺薄膜，实行膜上土下渗灌，并调控好苗床光照、温度，搞好病虫害防治，促成壮苗。
④移苗栽培时，用青枯立克150倍蘸根杀菌，预防病害；缓苗后冲施混合生物菌剂地力旺+青枯立克，改善土壤有机质，增加有益菌群，促进根系发达，抑制病原菌生长发育，提高植株抗性，以后结合根外追肥和防病用药。
⑤后期发现有青枯病、溃疡病、枯黄萎等症状的，可用青枯立克60-150倍喷雾或灌根，中草药制剂安全性高，没有抗药性，连续用药累计效果好。
