土壤次生盐碱化
由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分随土壤水分上行聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，土壤结构破坏，理化生物性质恶化，轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成植物生理干旱，营养障碍、盐害、死亡。甚至失去农业利用价值。
土壤营养失调
生产中不按作物所需营养元素比例施肥，不搞测土配方施肥，盲目过量施用氮磷钾，不施或少施有机肥和中微量元素肥，造成土壤中氮、磷的富集，土壤中钾、硅及钙、镁、硼、锌、铁、钼等中微量元素耗竭，导致氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素间营养比例失调，硅等有益元素缺失，并导致土壤营养元素拮抗，有肥而无用。
土壤污染
由于农业系统外的“三废”污染，农业系统内过量化肥、农药、农膜残留污染，未经处理的有机肥污染，以及有害病原物污染，时常会进入耕地土壤。当这些污染物残留累积超出土壤自净化能力后就会“溢出”，直接造成耕地土壤的重金属、有机化合物和致病生物污染。
耕地土壤被污染后，就会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降，土壤功能变差，严重污染者会使土壤丧失生产能力，失去农业利用价值。z89g88l5ysqw
土壤侵蚀
耕地土壤侵蚀主要表现有水蚀、风蚀和耕蚀。主要是坡地土壤垦殖过度，尤其是坡度大于15度以上的坡地，频繁地表土耕作扰动，使水土流失。其次是垦后缺乏如坡改梯、水平沟耕作、植物篱等保护性耕作措施，而是随意挖地耕翻，既造成耕蚀，又加剧了风蚀、水蚀。长期水土流失, 导致土壤沙化, 土层变薄，养分流失，保水保肥能力降低，土壤贫瘠化，耕地面积减少。
土壤－植物系统病
由于连续在同一块耕地上种植同一种或同科作物，因作物根系分泌物和残留物及某些病原生物在土壤中大量积累，使这块耕地土壤成为有病土壤。加之该作物所需要的营养元素因连续被吸收而缺乏，不需要的营养元素在土壤中累积，致使土壤营养失衡。再是土壤微生物生态群落被破坏，土壤对“有害微生物”的净化能力或抑制作用下降，有害微生物增多，有益微生物减少，生物性质恶化。土壤-植物系统病”的根源在土壤，表现在作物，当有病的土壤遇到免疫力差的植物，即会以植物病的形式表现出来，生产上常叫做重茬病、连作障碍、再植障碍。
设施农业土壤综合症
在全年或季节封闭的高温高湿环境下，加之高度集约化、高复种指数、高强度利用、高频度人为干扰，过量施肥，过量用药，过量灌水，过度耕作与践踏等强烈的干扰和巨大压力下，设施土壤健康急剧恶化。一般种植2-3年，就出现土壤结构破坏，土壤营养失衡，土壤酸化，土壤次生盐碱化，土壤有害物质积累，土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病。
