由于土壤、温度、品种的变化，番茄根腐病的危害逐年严重。经过多年的调查，重发田块的株发病率达到45%。一、症状识别根腐病主要危害根部，初在主根和茎基部产生褐斑，后逐渐扩大凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎，纵剖茎基或根部，维管束变为深褐色。二、发病条件本地区根腐病的病原物以寄生疫霉为主。
微元复合木霉菌剂生物农药制剂是新型生物杀菌剂。复合木霉菌生物农药通过产生抗生素、营养竞争、微寄生、细胞壁分解酵素、以及诱导植物产生抗性等机制，复合木霉菌生物农药对于多种植物病原菌具有拮抗作用，复合木霉菌生物农药具有保护和治疗双重功效，可有效防治土传性真菌病害，在苗床使用木霉菌剂，可提高育苗与移植的成活率，保持秧苗健壮生长。也可用于防治灰霉病。
多种导致番茄根腐的发病因素：一、初侵染源是在病残体上的厚垣抱子和卵抱子，借灌溉水或雨水传播蔓延；二、逐步的高温高湿有利于病菌抱子萌发侵染；三、定植时土壤温度过低，不利于根系生长，影响根系活力，为病菌初侵染创造了条件；四、前期生长过快，骤遇连续低温，造成根系受冻，利于发病；五、定植时，土壤湿度过大，排水不畅，连阴雨天气不及时放风等易导致该病的发生和流行。
将微元复合木霉菌剂拌种和采用随水滴施到加工番茄根部后，滴施2次可以达到最佳防病效果，能够显著增加加工番茄根际土壤中磷酸酶、过氧化氢酶、蛋白酶、脲酶、蔗糖酶以及纤维素酶活性，提高微生物生物量碳、氮和磷的量以及微生物种群多样性，但滴施3次后防病效果有所下降，同时出现土壤活力和微生物种群多样性下降。对照化学农药甲霜灵虽然也有较好的防病效果，但会降低土壤中酶活，微生物生物量以及微生物种群多样性，造成土壤质量下降。微元复合木霉菌剂起到了调节根际微生物种群结构和提高土壤质量的作用。
微元复合木霉菌剂依不同作物种类与作物不同时期有不同的使用方式，主要是要让木霉菌均匀分布于植物根部、表面与土壤中，短期作物使用1-2次，果树花卉等多年生作物每年使用3-4次即可，木霉菌使用次数越多效果越明显，长期使用可有效减少土壤传播性病害发生，多用有益无害。木霉菌使用时常添加米糠或豆粕以增加田间木霉菌增殖的能量也方便木霉菌在田间的分散性，使用量约为木霉菌之20-40倍。
