采用海水源热泵需要对海水进行处理，而水处理装置的初投资较高，其运行费用也很高；海水具有较强的腐蚀性，需要选择耐腐蚀的热交换器和水泵；取水点和住宅距离较远时需要长距离输送，输配成本高；海水源热泵系统有时还需要增加辅助热源才能满足冬季的供热需求，这必然增加系统的初投资。冷水机组与城市热网配套初投资大约200元/平方米左右（不含空调系统末端），全年运行费用在30元/平方米左右（不含空调系统末端）；大连某港区海水源热泵系统的估算初投资为260元/平方米，全年估算运行费用为42.1元/平方米。对于既有近海普通住宅，由于建筑的年代久远或结构限制，改造成海水源热泵系统代价大，投资高；对于新建近海高档住宅，一年中有很长时间处于无人居住的状态，只有度假时才会有人居住，这对系统是很大的浪费，成本不能及时回收。从初投资与成本回收角度看，海水源热泵系统的初投资大，运行和维护费用高，成本回收困难。
