《新京报》采用四开版式，按报道内容分为4个叠次：A叠为时事评论、北京新闻、中国新闻、国际新闻、体育新闻，B叠为经济（财经）新闻和产业周刊，C叠为娱乐新闻和文化艺术新闻，D叠为消费新闻和生活杂志。
《新京报》以独立的立场和客观的报道为基本准则，追求新闻的真实性和可读性，追求言论的稳健性和建设性。《新京报》拥有330多名有新闻理想和职业精神的记者编辑，创办以来发表了大量有影响力的报道和评论，这些报道和评论为中国各大门户网站、各家广播电视广泛转载。
《新京报》有较高知名度的栏目和周刊有：时事评论、核心报道、目击、赛道周刊、娱乐周刊、书评周刊、汽车周刊、黄金楼市、地球周刊、北京地理、北京爱情等，这些栏目和周刊各自拥有众多忠实读者。
《新京报》版式风格简洁、现代、优雅，追求“厚报时代、轻松阅读”，注重图片与插图的应用，国内报媒进入“读图时代”。《新京报》摄影记者曾多人多次获得中国新闻摄影大奖，2006年，新京报记者还获得世界新闻摄影比赛(WORLD PRESS PHOTO,简称“WPP”)的三等奖。
《新京报》在有关政策允许的范围内，设置企业化的经营架构，把广告和发行纳入公司化运作，使其与采编内容截然分离，保持报纸的独立性和公信力。正是基于报纸的影响力和公信力，基于对报业经营市场化的深刻领会和不懈实践，《新京报》的品牌价值和经营业绩不断提升，连续两年被有关权威机构评为“中国投资价值的媒体”、“中国最有成长潜力的媒体”、“中国最新锐报纸”、“中国最有影响力的时政类报纸”等。2006年《新京报》广告刊例达到6.12亿元。
政治优势
光明日报是中央主办，代管的中央大报，《实践是检验真理的唯一标准》一文首发媒体，被誉为中国知识分子的精神家园。南方日报是广东省委机关报，中国新时期思想解放的探索
《新京报》
者和中坚力量，媒体改革的先锋，集团旗下《》、《南方都市报》、《21世纪经济报道》等均在国内外享有盛誉。两家党报集团此番联手在首都北京打造《新京报》，得到和国家新闻出版署的大力支持，政治优势不言而喻。
体制优势
和新闻出版署此次把《新京报》列为试点，赋予《新京报》体制创新的重要使命---为全国新闻出版和文化体制改革探索经验，提供样板。两家党报集团以政治做后盾，以资金做纽带，强强联合，优势互补，合作经营，完全有能力建设一个法治化、现代化的报业企业，探索出真正有中国特色的报业之路。
资源优势
人力资源优势。《新京报》采编、经营、管理骨干以《南方都市报》输出的干部为基础，在极短时间内网罗全国1200多名报业精英，其中采编及经营、管理骨干500多人，都是精英媒体中的精英。
信息资源优势。《新京报》除了本身强大的原创内容之外，还可同步吸纳《南方都市报》的精华内容。《南方都市报》1997年正式创刊，曾经历经风雨，如今一纸风行。《南方都市报》在正面报道和舆论监督报道上，展示了十分宝贵的政治智慧；在报纸经营和发行上，积累了难以模仿的现代理念。《南方都市报》真正成为中央提出的"三贴近"和"三个代表"要求的坚定实践者。
业内人士称有《南方都市报》强大的资源优势，《新京报》将因此拥有更为超前、更为先进的办报理念，必将在北京报业市场掀起惊涛骇浪。
