这些菌体以及其代谢物不仅会对水质造成污染，还会对油层造成堵塞。所以，应该在进行回注之前，对其进行杀菌处理，而进行杀菌处理的方法一般情况下采用的是高级氧化法。高级氧化技术对消除SRB非常有效，与此同时还能对水中的有机生物进行氧化降解，使其细菌的营养源断开。为了达到杀菌的目的，还可以电解盐水的杀菌技术，主要是在次氯化钠的发生装置里将饱和盐水进行电解，从而产生氯酸钠溶液，利用该溶液杀菌。采出水的水质随着油田的开发也在变化，在进行地面工艺的时候，对流动改性剂的使用是不可避免的，对防垢剂、缓蚀剂降黏剂以及破乳剂的投放量也有了很大增加，这是导致采出水成分变得复杂的主要原因，从而也使废水处理成本、造成二次污染的几率以及废水处理难度增加。
